Pełnił funkcję rektora SGGW w latach 1918-20 i 1928-29. Był pierwszym rektorem SGGW, kontynuatorki Instytutu Agronomicznego na Marymoncie.

W 1888 roku ukończył studia na Politechnice w Rydze. W 1893 roku został powołany na stanowisko asystenta w Krajowej Galicyjskiej Wyższej Szkole Rolniczej, gdzie zorganizował chemiczno-rolniczą stację badawczą i doświadczalną, która wkrótce stała sie wzorem dla pozostałych polskich uczelni. Zajmował się problematyką związaną ze stosowaniem nawozów sztucznych i żyznością gleby. Współpracował z Towarzystwem Popierania Polskiej Nauki Rolnictwa, którego  celem było zorganizowanie czasopisma o charakterze rolniczym.  Za swoje  zasługi został w 1900 r. mianowany profesorem, a w 1906 dyrektorem placówki w Dublanach.

W 1911 roku Józef Mikułowski-Pomorski przeprowadził się do Warszawy i rozpoczął organizowanie najpierw kursów przemysłowo-rolniczych, a potem uczelni rolniczej w Warszawie. Wynajął lokal przy ul. Miodowej, a w Wilanowie założył pole doświadczalne.

W życie polityczne zaangażował się podczas I wojny światowej, po powołaniu przez Akt 5 listopada Królewstwa Polskiego. W latach 1916-17 był wicemarszałkiem Tymczasowej Rady Stanu, a w rządzie Jana Kucharzewskiego (lata 1917-1918) pełnił funkcję wicepremiera i ministra rolnictwa. W latach 1922-23 i w roku 1926 był ministrem wyznań religijnych i oświecenia publicznego.

Dzięki niemu kursy, które kiedyś prowadził, zostały najpierw przekształcone w Wyższą Szkołę Rolniczą, a potem upaństwowione, co pozwoliło na stworzenie Szkoły Głównej Gospodarstwa Wiejskiego, której pierwszym rektorem Józef Mikułowski-Pomorski został wybrany w 1918 roku. Po przerwie ponownie został rektorem SGGW.